動物医療PCRアッセイに適したプライマーを選択する方法は？

の信頼できるプロバイダーとして動物医療PCRアッセイ、私は、動物医学の分野におけるポリメラーゼ連鎖反応（PCR）アッセイの精度と効率性にプライマーが果たす重要な役割を理解しています。 PCRは、広く使用されている強力な手法です動物臨床検査病原体検出、遺伝子分析、疾患診断など、さまざまな目的のため。適切なプライマーの選択は、PCRアッセイの成功に大きな影響を与える可能性のある基本的なステップです。このブログでは、動物の医療PCRのニーズに合った適切なプライマーを選択できるように、いくつかの重要な考慮事項とガイドラインを共有します。

プライマーの基本を理解する

プライマーは、標的DNAの特定の領域に相補的な短い単一の鎖DNA配列です。これらは、DNAポリメラーゼが新しいDNA鎖を合成するための出発点を提供することにより、PCRプロセスを開始するために不可欠です。動物の医療PCRアッセイでは、プライマーは、病原体または宿主の遺伝マーカーからの遺伝子である可能性のある標的DNA配列に特異的に結合するように慎重に設計する必要があります。

特異性

優れたプライマーの最も重要な特性の1つは、その特異性です。特定のプライマーは、ターゲットDNA配列にのみバインドし、非ターゲットシーケンスではありません。動物医療PCRでは、さまざまなソースからのDNAの混合物を含む複雑な生物学的サンプルを扱う可能性があります。非比バインディングは、誤った結果につながる可能性があります。たとえば、動物サンプルで特定のウイルスをテストしている場合、非特定のプライマーは、宿主動物のDNAまたは他の汚染物質の同様の配列に結合し、誤った診断をもたらすことがあります。

特異性を確保するために、ターゲットゲノム内に一意のシーケンスを持つプライマーを設計することが重要です。バイオインフォマティクスツールを使用して、標的生物のゲノム全体および潜在的な非標的生物を検索して、可能性のある交差反応性をチェックすることができます。これらのツールは、他の既知のDNA配列とは異なるターゲットDNAの領域を識別し、非常に特定のプライマーを設計できるようにします。

感度

感度ももう1つの重要な要素です。敏感なプライマーは、サンプル内の標的DNAの低レベルを検出できます。動物医学では、これは早期の段階感染症や病原体の負荷が低いときに特に重要です。高感度のプライマーは、少数のターゲットコピーを持つサンプルでもターゲットDNAを検出する可能性を高めることができます。

プライマーの融解温度（TM）は、感度に影響する重要なパラメーターです。 TMは、プライマーの半分 - 標的DNA二重鎖が変性している温度です。同様のTM値（通常は互いに2〜5°C以内）のプライマーは、PCRプロセス中に効率的かつ均一なアニーリングを保証し、アッセイの感度を高めます。プライマーの長さは、感度にも役割を果たします。一般に、長さが18〜24ヌクレオチドの間のプライマーが最適です。これは、特異性と感度の間の良好なバランスを提供するためです。

さまざまなアプリケーションのプライマー設計上の考慮事項

病原体検出

動物サンプルの病原体検出のためのプライマーを設計するとき、病原体のゲノムの保存された領域を標的とすることが重要です。保存された領域は、時間の経過とともにあまり変化しないシーケンスであり、病原体の異なる株の間で一般的です。たとえば、細菌を検出する場合、16S RRNA遺伝子の保存された領域を標的とすることは、この遺伝子がすべての細菌に存在し、保存領域とさまざまな領域の両方を持っているため、良いアプローチになる可能性があります。

さらに、病原体が異なるバリアントまたはサブタイプを持っている場合、退化したプライマーを設計する必要がある場合があります。縮退したプライマーは、シーケンス内に少数の可変位置を持つプライマーの混合物です。これらのプライマーは、ターゲットシーケンスの複数のバリアントを認識でき、単一のPCRアッセイで病原体の異なる株を検出できます。

遺伝分析

遺伝的障害や品種の検査などの動物の遺伝子分析のために、特定の遺伝的軌跡を標的とするようにプライマーを設計する必要があります。これには、遺伝子に特定のエクソンまたはイントロンに隣接するプライマーの設計が含まれる場合があります。場合によっては、マイクロサテライト領域を増幅できるプライマーを設計する必要がある場合があります。マイクロサテライト領域は、非常に多型であり、遺伝子マッピングと個別の識別に使用できる短いタンデムリピートです。

プライマー品質の評価

プライマーペアの互換性

プライマーペアの互換性を評価することが不可欠です。プライマーダイマーは、PCRで一般的な問題です。プライマーダイマーは、プライマーがターゲットDNAの代わりに互いにアニールするときに形成され、非特定の産物の増幅をもたらします。プライマーダイマーを避けるために、プライマーは3 '端で最小限の相補性を持つように設計する必要があります。ソフトウェアツールを使用して、プライマーを合成する前に、潜在的なプライマー - ダイマー形成をチェックできます。

二次構造

プライマーは、ヘアピンやセルフアニーリングループなどの二次構造を形成し、PCRプロセスを妨げる可能性があります。ヘアピンは、プライマー内の分子内ベース - プライマーがそれ自体に結合すると自己アニーリングループが発生します。これらの二次構造は、プライマーが標的DNAに結合するのを防ぎ、PCR反応の効率を低下させることができます。バイオインフォマティクスツールは、このような二次構造の形成を予測でき、プライマーはそれらを回避するために再設計できます。

プライマーのソース

信頼できるものとして動物医療PCRアッセイサプライヤーは、さまざまな動物医療用途向けに特別に設計された高品質のプライマーを提供しています。当社のプライマーは、高度な技術を使用して合成され、特異性、感度、品質について厳密にテストされています。特定のニーズに最適なプライマーを選択するのを支援できる専門家チームがあります。あなたがanで研究を行っているかどうか動物臨床検査施設または診断テストの実施獣医クリニックでは、当社のプライマーは正確で信頼できる結果を提供できます。

結論

動物の医療PCRアッセイに適したプライマーを選択することは、複雑だが必須のプロセスです。特定のアプリケーションの特異性、感度、プライマー設計などの要因を考慮することにより、正確で信頼できる結果を提供するプライマーを選択できます。当社では、すべての動物の医療PCRのニーズに高品質のプライマーと包括的なサポートを提供することを約束しています。あなたがあなたのためにプライマーを購入することに興味があるなら動物臨床検査または他の動物医療アプリケーションは、お客様の要件について話し合い、実り多いビジネスパートナーシップを開始するためにお問い合わせください。

参照

1. Dieffenbach、CW、＆Dveksler、GS（1995）。 PCRプライマー：実験室マニュアル。コールドスプリングハーバーラボラトリープレス。
2. Kwok、S。、＆Higuchi、R​​。（1989）。 PCRでの誤検知を回避します。自然、339（6221）、237-238。
3. Sambrook、J。、およびRussell、DW（2001）。分子クローニング：実験室マニュアル。コールドスプリングハーバーラボラトリープレス。